Томас Андерсон молодой мужчина, работающий в офисе в мире компьютерных технологий. Его жизнь обычна, и ничем не приметна, каждый его день меняется следующим и так все идет по кругу. Единственным увлечением Томаса является компьютерный мир, находящийся за гранью реальности. Там, мужчина проводит все свое свободное время, пытаясь хоть как-то отвлечься от нудной рутины. Этот виртуальный мир со временем затягивает героя, у него уже есть другое имя Нео и много вопросов, касающихся сети. Но вскоре хакер сталкивается с Матрицей и группой людей, помогающих ему во всем этом разобраться. Морфиус и Тринити показывают ему абсолютно другой мир, где все происходящее на самом деле просто иллюзия, выдуманная людьми. Тогда Нео начинает путешествие по разным мирам, пытаясь оградить разрушение системы машин, управляющих Матрицей. Ведь был запущен некий вирус, который может уничтожить ее существование. Справиться с этой довольно сложной миссией у Нео получилось, и Матрица была спасена. Однако других попыток, навсегда ее истребить, у него избежать так и не удалось. И отныне Нео вступает вместе с ее хранителями на путь вечной борьбы за ее свободу.
Долгое время длилась эта борьба, с кем только не приходилось встречаться героям на этом сложном пути. Однако прекратить эту битву у них так и не получилось. И вот в результате сражения с машинами – разведчиками Нео оказывается без сознания. Он погружен в другой мир, откуда возможно нет выхода. А в это время армия кибернетических машин находит хранилище людей, и теперь существование Зиона находится под угрозой уничтожения. Морфеус и Тринити отправляются на спасение Нео, пытаясь освободить его из другого измерения. После удачной попытки Нео снова оказывается в игре. Однако теперь ему предстоит столкнуться с коварным замыслом Смита. Сможет ли герой его остановить и избежать нападения машин убийц?